ISO9001认证体系审核方面提供了具体的实施步骤和要求，这些规定和要求既适用于外部质量管理体系审核，也适用于ISO9000认证内部审核。ISO9001认证审核流程是指每项具体的审核工作的开展过程，包括审核策划和审核实施活动，它是审核方案的组成部分。质量(或环境)管理体系的审核一般分为六个阶段流程，即：
1、审核启动阶段;
2、文件评审实施;
3、现场审核活动的准备;
4、现场审核活动的实施;
5、审核报告的编制、批准并发放;
6、审核后续活动的实施，包括:纠正措施、预防措施、改进措施的评审与验证等。
各个受审核组织的规模、性质和复杂程度不一样，相应的审核活动也不尽相同，但大致ISO9001认证审核流程是一样的。